Muzeul este în clădirea unui fost turn de apă, care există deja de 119 ani. În timpul cutremurului din anul 1990 clădirea a fost grav avariată, și a fost închis timp de zece ani. În anul 2000, muzeul s-a redeschis, dar doi ani mai târziu a fost din nou închis pentru renovare. Deschidera lui recentă, a fost preconizată pentru sărbătoarea Ziua Orașului Chișinău.
