Autorul proiectului este arhitectul italian Djordjo Toricelli, care în acel moment slujia la Contele Voronțov din Odesa. În anul 1834, atunci când este aprobat planul general de construcție a orașului Chișinău, în Sankt-Petersburg, printre multe alte proiecte, a fost aprobat si proectul - Castelul închisorii. Castelul se distrage considerabil din ansamblul  arhitectural al orașului, el este diferit prin construcțiia complicată, orientate spre soare.

Proectul arhitectural a fost foarte curajos, construcțiia cu aspectul ei semăna ca un castel medieval întărit, cu turnuri masive de 20 de metri, pereți groși, porți triple din fier. Spațiu interior a închisorii a fost folosit strict rațional. Camere de utilitate, camera pentru gardă și camerele pentru deținuți sunt situate în jurul perimetrului clădirii, fiind conectate printr- un sistem cu scări de trecere si coridoare. Întregul complex a închisorii a fost împărțit în două părți de sex masculin și de sex feminin. În plus, mai există diviziuni condiționate și funcționale: în subsolul inferior au fost serviciile de uz casnic, depozite, si camere pentru criminali periculoși, la etajul al doilea spitalul, iar la al treilea erau ținuți deținuții minori. În turnul de nord a fost organizată biserica.
Până la acest moment în Chișinău nu a fost închisoare, ca aceasta,  în diferite părți ale orașului erau situate posture de gardă. Capacitatea închisorii a fost de 700 de oameni, dar asta nu a încurcat în perioada sovietică să țină în interiorul zidurilor sale cîte1.500 de prizonieri.

În timpul unui cutremur puternic, din 10 noiembrie anul 1940 complexul închisorii a fost grav avariat, în acea zi tragică sub ruine au murit aproximativ o sută de oameni, mulți au fost răniți. Deținuții, care au supraviețuit n-au fugit, dar au ajutat la demontarea ruinelor la egalitate cu administrația. Având în vedere, că nu aveau unde să stabilească deținuții, în curte au fost construite în grabă corturi vremelnice, perete nou pe perimetru și turnuri la colțuri.

În anul 1990 la complexul închisorii au fost comise trei evadări. Prima evadare a fost făcută de deținuții dintr-o camera, care cu linguri au săpat un tunel pînă la eșire, dar în curând toți au fost prinși, în afară de unul.

A doua evadare a avut loc în anul 2005.Un deținut condamnat pentru omor deosebit de grav,datorită comportamenului bun, a fost transferat la un regim de detenție mai ușor, și trimis la lucru in gospodărie. El a reușit să-și amintească planul închisorii, a demontat peretele de piatră din celula sa, și a evadat. El a fost reținut abia după un an. Acum este condamnat pe viață si își ispășește pedeapsa în închisoarea numărul 17 din Rezina.

A treia încercare de evadare nu a fost de mare success, suspectul de crimă, într-un mod oarecare a fugit din curte pentru o plimbare, dar în aceeași zi a fost prins și întors înapoi.

În octombrie anul 2004, la închisoarea din Chișinău a izbucnit o revoltă, dar repede a fost suprimată cu brutalitate de către forțele speciale. Cauza revoltei a fost condițiile dure de trai în penitenciar.

În prezent în penitenciarul număr 13 sunt aproximativ 900 de deținuți.