În anul 1844, guvernatorul Basarabiei contele Mihail Voronțov, a propus țarului Nicolae I un proect de cale ferată de cal "Odesa - Parcani". Împăratul a aprobat proiectul, făcând doar un amendament, sensul careia constă în faptul că mai târziu pe ea să poată fi trase și unități, care să justifice investiția. Din cauza neînțelegerilor și obstacolelor birocratice, construcția căii ferate a început doar în anul 1863 și a fost terminată catre anul 1864, dar oficial a fost deschisă in luna decembrie anul 1865. S-a hotărît să fie continuată construirea liniei pînă la Chișinău. Pentru aceasta a fost introdus un fond special – 1 copică de la 1,46 hectar de teren, după  doi ani – în luna mai anul 1867 fondurile au fost colectate. Acordul contractului a fost semnat cu baronul Ungher-Șternberg. Îndeplinind contractul, executorii contractantului au deviat puțin și au construit un pod peste Nistru, care nu a fost planificat.

În anul 1870 a fost construită prima gara feroviară în Chișinău. Unele surse indică faptul că aceasta a fost o clădire din lemn, de o folosire temporară. Se spune că stația la exterior era similară cu o gară feroviară simplă de provincie. Dar, această situație nu era pe placul administrației orașului și arhitectului Ghenri Lonschii i s-a dat ordin pentru a proiecta noua clădire a gării feroviare din oraș.

Există informații diferite, când a ajuns primul tren în gara feroviară Chișinău - unii susțin că aceasta a fost la 15 august 1871, în timp ce alții spun că sectorul Tiraspol-Chișinău linia a început să lucreze la 28 august 1871. În orice caz, acest eveniment important a avut loc în august 1871, iar primul tren a sosit de la Odesa. Acesta a fost punctul de pornire în istoria de cale ferată a Basarabiei.
Treptat rețeaua de cale ferată în Basarabia a crescut: un număr mare de pasageri foloseau serviciile de cale ferată, lungimea rutei feroviare la începutul secolului XX a fost de aproximativ 850 km.

Clădirea gării cu trei etaje, cu turnuri patrate arată ca un castel din povești - aceasta frumusete este decorarea turlelor pe turnuri. În cladire a fost construită sala de interior, de asemenea au fost magazine și cafenele, o sală confortabilă pentru pasagerii de prima clasa, camere mai modeste pentru persoanele de clasa a doua și a treia. Se spune că mulți orășeni iubiau să se plimbe prin gară și împrejurimile sale. Mai mult decît atît, gara era situată  la periferia orașului - și în jurul ei era loc pustiu. Mai târziu, pe acest loc sunt construite case de locuit si școala eparhiarhală de sex feminin. Birjarii cu echipajele lor, lucrau pe teritoriu gării. Cînd trenul ajunjea, zona era aglomerată cu aceste echipaje. Anul 1897 a fost marcat de construirea de linia - ferată de cal, al cărui scop a fost să se facă legătura gării feroviare cu orașul și cartierele sale. Au fost 4 linii de tracțiune, dintre care 3 au avut oprirea finală la gara feroviară.

Marele Război pentru Apărarea Patriei în mod repetat a distrus clădirea gării, a fost atacată chiar si de Armata Roșie în anul 1941, apoi a fost parțial restaurată, in anul 1944 - din nou avioanele au bombardat-o si practic aproape complect au distrus-o. Din unele surse de informație, avioane americane au făcut un bombardament covor, și ca rezultat, aproape toată partea veche a Chișinăului a fost distrusă, împreună cu gara. Desigur, gara na fost restaurată, pur și simplu na rămas nimic ce putea fi restaurat. În 1948 arhitectul Alexei Sciusev împreună cu arhitectul L. Ciuprin din nou au reconstruit gara, prizonierii de război germani au lucrat la construire. De data aceasta pentru construcție a fost utilizată piatră iar pentru finisare - cărămidă. De atunci, multa apa a curs, iar gara de tren, cu toate anexele sale în mod repetat se shimbă și se realizeză. De exemplu, pavilionul de tramvai a fost construit lîngă clădirea gării de cale ferată în 1976.
Eveniment important a avut loc la 24 aprilie anul 1983. Au fost instalate două plăci memoriale, pe ele este srisă inscripțiea:
- "În onoarea plecării armatei ruse si voluntarilor bulgari care au plecat de la gara din Chișinău la 24 aprilie 1877 pentru a participa la eliberarea popoarelor din Balcani de sub jugul otoman"

- "În memoria luptei revoluționare a muncitorilor și soldaților pentru puterea sfatului țării din Moldova 1 (14), decembrie 1918."

Gara a fost reconstruită la 30 iulie 2003, de asemenea, sau reconstruit acoperișurile deasupra pavilioanelor de plecare.

Eveniment interesant a avut loc la 29 iulie anul 2004 – au instalat un monument unic. Acest monument este o locomotiva, numărul de serie 1469, a fost fabricată în Polonia, orașul Poznan, au restaurat-o aproximativ 2 luni. Locomotiva făcea legătura între Ungheni si satul Cornesti și a operat pe această rută pînă în anul 1969.