Музей был открыт в 1987 г. в здании бывшего Регионального Лицея, находящемся в историческом центре Кишинёва. Перед зданием установлен памятник Латинской волчице с Ромулом и Ремом – точная копия знаменитого римского монумента.

В музее 10 выставочных залов, из которых три увенчаны куполами, и являются необычайно красивыми архитектурными сооружениями.

Музей разделён на несколько секций: Археология и Античная История, Средневековая История, История Бессарабии, Современная История, Клады.

Коллекция Национального исторического музея Молдовы насчитывает около 300 тыс. предметов, представляющих историческую ценность: археологические находки, документы, фотографии, нумизматика, предметы повседневного обихода, декоративное и художественное искусство. Не менее 165 тысяч экспонатов, выставленных в музее, являются национальным достоянием Молдовы.

Каждый год в помещении Музея Истории организовываются тематические выставки, каждая из которых является важным событием в культурной жизни Молдовы.

На территории Молдовы действуют пять филиалов музея: Выставка военной техники, Мемориальный дом Щусева (г. Кишинёв), Мемориальный дом "К. Стамати" (г. Окница), Усадьба семьи Лазо (с. Пятра), Дом-музей "Карл XII" (с. Варница).